安装

稳定版本

安装deepchem之前先安装tensorflow 2.4 版本。

笔者建议使用conda管理各种python项目的环境。

conda create --name py37deepchem python=3.7 -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda activate py37deepchem
pip install tensorflow~=2.4
pip install deepchem

RDKit 是一个可选的安装包， 推荐安装RDKit因为好多有用的方法都依赖它，比如 molnet 。

conda install rdkit -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/rdkit/

最新测试版本

你也可以通过PIP安装deepchem的最新测试版本，该版本可能会有一些新功能，以及一些没有被发现的Bug。

pip install tensorflow~=2.4
pip install --pre deepchem

测试是否安装成功

(deepchem) root@xxxxxxxxxxxxx:~/mydir# python
Python 3.6.10 |Anaconda, Inc.| (default, May  8 2020, 02:54:21)
[GCC 7.3.0] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import deepchem as dc

在tox21数据集上进行测试

wget https://raw.githubusercontent.com/deepchem/deepchem/master/examples/benchmark.py
python benchmark.py -d tox21 -m graphconv -s random